Трудности в дифференциальной диагностике опухолевого и воспалительного процессов в мочевом пузыре могут возникать при эозинофильном цистите, грануломатозном и интерстициальном цистите. Поэтому необходимо проведение биопсии пораженных участков слизистой. При интерстициальном цистите проводится мультифокальная биопсия мочевого пузыря из 5-6 точек. Взятие материала выполняется биопсийными щипцами. Результаты биопсии не могут отразить состояние всей стенки мочевого пузыря, так как в биоптате чаще содержится только ткань слизистой оболочки, без глубоко лежащих подслизистой и мышечных слоев.
Биоптаты , взятые при трансуретральной резекции более информативны, так как захватывают кроме слизистой, подслизистый и мышечный слои (глубокая биопсия).